意図しない残業代の発生やトラブルを防ぐためには、労務管理の仕組みを法的に強固なものへ再構築しなければなりません。その中核となるのが「就業規則における残業事前許可制の明文化」です。
就業規則に「所定労働時間を超える勤務は、原則として禁止とする」「残業が必要な場合は、事前に所属長の許可を受けなければならない」「無許可での残業は禁止し、指示のない居残りは労働時間と認めない」といった条項を明確に盛り込み、全従業員に周知・同意を得ておくことが第一歩となります。
残業許可制が社内規定として確立していれば、事前の申請や承認を得ずに行われた残業は「業務命令違反」と位置づけることが可能になります。ただし、規定を設けただけで現場で無許可残業を黙認していれば「規定は形骸化していた」と判断されるため、運用面での厳格な徹底がセットで求められます。
なお、ルールを守らない従業員に対して、即座に懲戒解雇や契約更新拒絶（雇止め）を行うのは解雇権の濫用とみなされる危険があります。まずは口頭注意、改善されない場合は書面による厳重注意、けん責・減給といった段階的な懲戒手順を確実に踏むことが法的な自己防衛につながります。
