「幻想水滸伝」シリーズのアイデンティティである「108人の仲間」。過去作ではイベント進行や特定の選択肢によって加入する形が一般的だったが、今作ではその概念が根本から刷新された。
プレイヤーの選択や探索の順序、さらには星々や時空の移動パターンによって、108星の仲間たちが異なるコンテキストで登場する。ある世界では頼もしい戦友として刀を交え、別の世界線では宿敵として立ちふさがることもあるという。単なる図鑑埋め的な収集要素を超え、仲間の加入が拠点（今作では『星間移動要塞スターキャッスル』）の機能拡張や、世界全体の歴史そのものを分岐させていく仕組みだ。
