有馬温泉病院の最大の特徴は、日本有数の泉質を誇る有馬の温泉を活用した「温泉療法」と、近代的な西洋医学・リハビリテーション医療の融合にあります。単なる保養やリラクゼーションではなく、医師の指示のもとで理学療法士・作業療法士・言語聴覚士が関与する医学的リハビリテーションの一環として位置づけられています。
温泉療法（物理療法・水治療法）の適応症としては、脳血管障害（脳梗塞・脳出血など）の後遺症による運動麻痺や痙縮の緩和、骨折・人工関節置換術後の関節拘縮の改善、慢性関節リウマチ、変形性関節症、神経痛、運動機能障害などが挙げられます。温熱効果によって血流を促進し、痛みを和らげるとともに、水中での浮力を利用することで関節への負担を最小限に抑えながら効果的な運動療法を行うことが可能となっています。
リハビリテーション科では、患者一人ひとりの発症時期や全身状態、心身機能に合わせた個別プログラムを立案。専任スタッフによるマンツーマン指導を通じて、日常生活動作（ADL）の向上と早期の在宅復帰を強力にサポートしています。
