結論から言えば、医学的に「ヤクルトでアトピーが完全に治る（完治する）」という万能の特効薬的エビデンスは存在しない。アトピーは遺伝的要因、皮膚バリア機能の低下、環境アレルゲンなどが複雑に絡み合う多因子疾患だからだ。しかし、「改善のサポート」という文脈であれば科学的な筋道が見えてくる。
鍵を握るのは、ヤクルト独自の乳酸菌シロタ株（L. カゼイ YIT 9029）である。強い生きて腸に届く性質を持つこの菌株は、腸内の善玉菌を増やし、悪玉菌の増殖を抑える働きが確認されている。腸壁には全身の免疫細胞の約70%が集中しているため、腸内環境が整うことで過剰な免疫応答がなだめられ、結果としてアトピー特有の発疹やかゆみの軽減につながるメカニズムが提示されている。
