ホテル南風楼の象徴ともいえるのが、海と空に溶け込むような開放感を誇る温浴エリアです。地下から湧き出る島原温泉の湯は、マグネシウム・ナトリウム・炭酸水素塩温泉で、肌触りが滑らかで「美肌の湯」として親しまれています。
特にプライベートな滞在を求める層から絶大な人気を集めるのが、趣向を凝らした客室露天風呂付きの客室です。テラスから有明海を独り占めできる露天風呂は、朝は水平線から昇る感動的な日の出を、夜は波音と満天の星空を眺めながら、誰にも邪魔されない極上のバスタイムを堪能できます。
また、サウナ愛好家（サウナー）から九州屈指のスポットとして熱視線を浴びているのが、近年刷新されたサウナエリアです。
- オートロウリュ完備のパノラマサウナ：室温約90℃に保たれたサウナ室の窓からは有明海を一望でき、定期的なオートロウリュによって心地よい熱波が全身を包み込みます。
- 雲仙の湧水を用いた水風呂：水温約15℃前後に徹底管理された天然水風呂は肌当たりが柔らかく、深さも十分に確保されています。
- インフィニティ外気浴スペース：海風が直接吹き抜けるデッキにリクライニングチェアが配置され、究極の「ととのい」体験が得られます。
なお、宿泊だけでなく日帰り温泉としての利用も可能であり、料金は大人1,000円前後（時間帯や曜日により変動あり）とリーズナブルに設定されています。地元住民から観光客の立ち寄り湯まで幅広く親しまれています。
