料金の損得を正確に見極めるには、まず双方が採用している運賃体系の根本的な違いを把握する必要があります。タクシー運賃は道路運送法に基づき国土交通省の認可を受けた厳格なメーター制を採用しているのに対し、運転代行は自動車運転代行業法のもと、各事業者が独自に届出を行った料金体系で運営されています。
都市部を中心に実施された運賃見直しにより、タクシーは初乗り運賃が約500円〜600円（1km〜1.2km圏内）となり、その後は一定距離および時速10km以下での走行時間に応じて加算される「時間距離併用制」が基本です。ここに22時から翌朝5時までのタクシー深夜割増料金の計算（通常運賃の2割増、実質的には走行距離が約16.7%短縮カウントされる仕組み）が乗るため、深夜帯のメーターは昼間よりもハイペースで上がっていきます。
一方、運転代行の料金相場は「初乗り（基本2km〜3km）で2,500円〜3,500円」に設定されているケースが多く、初動の単価はタクシーよりも高めに設定されています。以降は1kmごとに300円〜400円程度が加算され、さらに事業者ごとの深夜割増（おおむね2割〜3割加算）や「迎車料金（500円〜1,000円程度）」が上乗せされるのが通例です。一見すると代行のほうが割高に見えますが、代行には「翌日に車を取りに戻る手間と交通費が発生しない」という圧倒的な実質価値が含まれています。
