しかし、人気が高まる一方で、避けては通れない課題も浮き彫りになっている。一部の心ないファンによる私有地への無断立ち入りや、ゴミの放置、撮影機材の設置による一般歩行者の妨げなどが問題視されているのだ。
実際に、過去に何度も劇中に登場したいくつかの商業施設や公園では、トラブル防止のために「特撮ポーズでの撮影禁止」や、ロケ地としての受け入れ自体を一時停止する措置を取らざるを得なくなった事例も発生している。聖地が聖地であり続けるためには、公式のガイドラインを遵守し、地域住民や施設管理者への敬意を忘れないという、ファン側のモラルと自制がこれまで以上に求められている。