この計算モデルの妥当性を巡っては、地震学界の第一線で活躍する専門家の間でも長年にわたり激しい議論が戦わされてきた。名古屋大学の鷺谷威教授をはじめとする地動変形モデルの研究者らは、時間予測モデルの前提となっている歴史的古文書の地盤隆起データには大きな測定誤差や極端な偏りが含まれており、現代のGPS精密観測データと照らし合わせてもモデルとしての有効性には疑問があると指摘している。
一方で、政府の地震調査委員会で委員長を務めた東京大学名誉教授の平田直氏らは、確率算出の限界を認めつつも、防災上の危機感を共有する重要性を訴える。南海トラフ巨大地震は歴史的に見ても100年から150年という短周期で確実に対発しており、前回（昭和東南海・南海地震）から既に80年近くが経過しているという事実は揺るがない。標準的な統計モデルだけに依存してリスクを過小評価する危険性を避けるため、極めて切迫している可能性を示す数値も併せて社会に明示する判断が下された経緯がある。
