冒険開始時に決定する4人の仲間選びは、クリアまでの難易度を劇的に左右します。人間、エスパー、モンスターの3種族は成長システムが根本から異なるため、プレイヤーのプレイスタイルに応じた戦略的な編成が不可欠です。
ゲームの仕様を最大限に活かした魔界塔士サガ最強パーティ編成として、解析界隈やタイムアタック走者の間で満場一致の支持を集めているのが「エスパーギャル（またはエスパーマン）×3＋モンスター×1」の構成です。資金に余裕ができる終盤を見据えるなら「人間×1＋エスパー×2＋モンスター×1」も極めて強固な布陣となります。
人間はHPやちから、すばやさをショップで販売されている「HP200」や「ちからのもと」といった高額なドーピングアイテムを購入して底上げする仕様上、序盤は大器晩成型ですが、終盤はステータスを最大値（表示上99、内部的に255）までカンストさせることが可能です。一方、エスパーは戦闘終了後にランダムで能力値が上昇し、特殊能力を習得するため、育成コストが一切かかりません。
ここで極めて重要となるのがエスパー能力厳選と育成方法のテクニックです。エスパーの能力欄は4枠存在しますが、新たな能力を覚える際、「能力欄の4番目（一番下）の枠」が強制的に上書きされるという内部仕様が存在します。つまり、手元に残したい強力な特技（「テレポ」「かいふく」「サイコブラスト」「フレア」など）は、メニュー画面で1〜3番目のスロットへ移動させておくことで、勝手な上書き消滅を完全に防ぐことができます。
育成時は、上げたいステータスに応じた行動を取ることが基本となります。ちからを伸ばしたい場合は剣や斧で物理攻撃を行い、すばやさを伸ばしたいならサーベル系やレイピア系を使用、魔力を伸ばしたい場合は特殊能力や魔法書を多用することで、対応するパラメータの上昇確率を意図的に引き上げることが可能です。
