内容の書き方にも面白い特徴がある。『古事記』は、あたかも一つの壮大なファンタジー小説のように、首尾一貫したストーリーが展開していく。天照大御神を中心に据え、神話から天皇の歴史へと、淀みなく物語が流れる。
しかし、『日本書紀』は違う。「一書に曰く(ある本によると……)」という形式で、一つの事件に対して複数の異説をこれでもかと並べるのだ。「Aという説もあるが、Bという説もある」といった具合に、あえて決定を避けて客観的な資料を提示するスタイルを取る。このジャーナリスティックな姿勢は、現代の歴史家たちをも唸らせるポイントだ。