生きたアニサキスを誤って摂取してしまった場合、発症する病態は主に「急性胃アニサキス症」です。食中毒としての潜伏期間は食後2時間〜12時間程度（大半が8時間以内）で、波のある周期的な激しい上腹部痛、悪心、嘔吐が突発的に現れます。
この激痛は、虫体が胃壁に物理的に噛み付くことによる痛みだけではなく、アニサキスの分泌物に対する即時型アレルギー反応によって胃粘膜が激しく炎症・浮腫を起こすことが主因です。稀に食後十数時間から数日を経て下腹部に激痛が走る「腸アニサキス症」に移行する場合があり、こちらは腸閉塞や腹膜炎を引き起こす恐れがあります。
さらに、春の味覚として人気のホタルイカに潜む旋尾線虫（せんびせんちゅう）は、アニサキスよりも微小ながら凶悪です。幼虫が腸壁を突き破り、急性腹症（腸閉塞）を引き起こすほか、皮下に侵入して皮膚がミミズ腫れのように赤く腫れ上がる「皮膚爬行症（ひふはこうしょう）」を発症させる事例が報告されています。
激痛が生じた際の治療法としては、消化器内科や救急外来を速やかに受診し、上部消化管内視鏡（胃カメラ）で直接虫体を摘出することが最も確実かつ劇的な除痛手段です。摘出した瞬間に激痛が嘘のように消失するのが特徴です。なお、近年は正露丸の主成分（木クレオソート）がアニサキスの運動を抑制する研究なども注目されていますが、自己判断での民間療法に頼り切ることは避け、速やかな医療機関受診を最優先にしてください。
