韓国でユッケを食べる際、まず理解しておくべきなのが日韓における衛生管理ルールの根本的な違いです。日本では現在、生食用牛肉を取り扱う施設に対して、専用の設備基準や肉の表面から深さ1cm以上を60℃で2分間以上加熱殺菌するなどの極めて厳格な基準が法律で義務付けられています。これに対し、韓国では伝統食文化としての生肉消費が広く定着しており、HACCP（危害要因分析重要管理点）に基づいた屠畜・流通管理が行われているものの、飲食店における生肉のトリミングや殺菌処理の法的規制は日本ほど一律に厳罰化されていません。
韓国のユッケで発症する食中毒の二大原因菌として挙げられるのが、カンピロバクター（Campylobacter）と腸管出血性大腸菌O157をはじめとする病原性大腸菌群です。牛の消化管内にはこれらの細菌が日常的に常在しており、屠畜解体時にどれほど注意を払っても、枝肉の表面に微量な菌が付着するリスクをゼロにすることは構造上不可能です。さらに、生レバー（牛の肝臓）やセンマイなどを同時に注文した場合、内部まで菌が侵入している生レバーからの二次汚染リスクが格段に跳ね上がります。
また、夏場の気温上昇時だけでなく、暖房が効いた冬場の店内環境や、調理器具・手指を介した交差汚染（サルモネラ属菌やノロウイルスなど）も複合的な要因となります。本場の新鮮な肉であっても、「生肉である以上、細菌が付着しているリスクは常に存在する」という前提を忘れてはなりません。
