防衛医科大学校の最大の魅力とされる学費全額免除だが、これには明確な条件が定められている。卒業後、防衛大臣の命を受けて自衛隊医官として任官し、定められた9年間を勤務しなければならない。この「9年間の義務勤務」を果たさずに途中で退職する場合、在学中に国から支給された手当や授業料に相当する償還金を一括返還することが義務付けられている。
償還金の額は在職年数に応じて減額されるものの、卒業直後に離職する場合は千数百万円規模の返還が求められる。若手医師にとってこの経済的ペナルティは小さくない。将来のキャリアプランが自衛隊の組織内での勤務と合致しているか、出願前によく吟味しておく必要がある。
