2016年4月、旧病院は最大震度7の激震により建物が甚大な被害を受け、全患者の緊急転院という苦渋の決断を迫られた。その痛切な経験は、現在の病院建物と設備設計のあらゆる細部に生かされている。
免震構造を採用した現店舗・本館棟は、大規模地震が発生した場合でも医療機能を維持できるよう、独自の自家発電装置と給排水システムを備える。災害時には即座に「災害拠点病院」としての本部機能を立ち上げ、広域搬送の司令塔となる仕組みが完備されている。防災訓練も従来の形式的なものから、予期せぬシナリオに対応する実践型へと進化を遂げた。
