TOKYO CRUISEの代名詞とも言えるのが、漫画界の巨匠・故松本零士氏がデザインを手掛けた3隻の未来型近未来シップ「ヒミコ(HIMIKO)」「ホタルナ(HOTALUNA)」「エメラルダス(EMERALDAS)」です。外観はいずれも流線型のティアドロップ(涙滴)形状ですが、船内体験には明確な違いが存在します。
2004年に就役した初代「ヒミコ」は、宇宙船をイメージした完全密閉型のキャビン構造が特徴です。船内では『銀河鉄道999』のキャラクターたちによる船内アナウンスが流れ、没入感の高いクルージングが楽しめますが、構造上、屋上デッキに出て外風を感じることはできません。
これに対し、2012年就役の「ホタルナ」と2018年就役の「エメラルダス」には可動式の屋上展望デッキが設置されています。航行中に特定エリアへ達するとデッキが開放され、360度の大パノラマと心地よい海風をダイレクトに体感できます。エメラルダスは定員を約100名に絞り、ゆったりとしたシートレイアウトとLEDイルミネーションが施されたプレミアム仕様となっています。