実家では一人っ子として育った乙武氏ですが、自ら築いた家庭においては3人の子どもの父親となりました。
早稲田大学時代に出会った女性と2001年に結婚し、その後、2008年に長男、2010年に次男、2015年に長女が誕生しています。2016年に協議離婚が成立したため親権は元妻側にありますが、子どもたちへの深い愛情は現在も変わっていません。
離婚後のインタビューや著書などでも、子どもたちのプライバシーを守りつつ、父親としての責任を果たし続けている姿勢が語られています。家族の形は変わっても、子どもたちの成長を遠くから温かく見守り続けています。
