結婚後の2人は順風満帆な家庭生活をスタートさせ、2011年2月には待望の長男が誕生しました。さらに2014年4月には次男が誕生し、家族4人での穏やかな生活が続くかに見えましたが、2015年4月、一家を突然の過酷な悲劇が襲います。
次男が「絞扼性（こうやくせい）イレウス」を発症し、懸命な救命措置も虚しく、わずか1歳9日という短さでこの世を去ったのです。所属事務所を通じて連名で出されたコメントには、深い悲痛と絶望のなかでも互いを支え合おうとする痛切な思いが滲み出ており、日本中から深い同情と励ましの声が寄せられました。
この計り知れない悲しみを乗り越えるため、夫婦は徹底して家族の時間を最優先にしました。香椎由宇は仕事を完全にセーブし、オダギリジョーも家庭を支えるために撮影スケジュールを調整するなど、夫婦が二人三脚で悲哀を分かち合いました。そして2016年8月、待望の三男が誕生します。新しい命の誕生は、傷ついた家族の心を大きく癒やす希望の光となりました。
2026年現在におけるオダギリジョーの家族構成は、夫婦と成長した2人の息子（高校生となった長男と、小学生の三男）の4人家族です。子どもたちのプライバシーを厳格に守りつつ、学校行事や私生活では飾らない父母として積極的に参加する姿が近隣住民や保護者の間でも度々目撃されており、地に足の着いた温かい家庭環境が維持されています。
