物語の発端は、国を追われた小国・チュニジアの元元首であるサルタンが、大金と執念を注ぎ込んで巨大ロボット・プルートゥを作らせたことに始まります。サルタンの目的は極めて利己的で、「プルートゥを100万馬力の無敵の存在にし、世界最強のロボットたちを倒してロボット界の王座に就かせること」でした。
プルートゥは製作者であるアブラー博士の指示に従い、スイスの山岳救助ロボット・モンブランを皮切りに、世界各国にいる最高峰のロボットたちを次々と標的に定めます。戦いを好まないロボットたちも、大切な人々や自身の誇りを守るために戦火へと巻き込まれていきました。
日本のアトムもまたプルートゥの襲撃を受け、圧倒的なパワーの差を痛感します。一度は敗北の恐怖に直面したアトムは、妹のウランを守り、凶悪な敵を止めるために100万馬力への出力強化改造を決断。しかし、戦いが進むにつれてプルートゥの心には「なぜ自分は仲間を破壊し続けなければならないのか」という強い葛藤と虚しさが芽生え始めます。
物語のクライマックス、舞台は阿蘇山へと移ります。サルタンがプルートゥを「処分」するために送り込んだ最終兵器、200万馬力を誇る謎の巨大ロボット・ボラーが出現。阿蘇山の噴火エネルギーを吸収して地球規模の大惨事を引き起こそうとするボラーに対し、プルートゥはアトムと手を取り合い、自らの命を投げ出して立ち向かいます。
プルートゥは自らを犠牲にしてボラーを道連れにし、大噴火の危機から世界を救いました。生き残ったアトムとお茶の水博士が荒涼とした噴火口に立ち尽くす中、アトムが口にした「ロボットに心があるかぎり、戦いはなくならないのだろうか」という悲痛な叫びは、読者の胸に深く突き刺さる結末となりました。
