私立高校への進学で最も現実的な検討事項となるのが費用面です。鎮西高校の初年度にかかる学費は、入学金、施設維持費、授業料、PTA会費などを合わせて約70万〜80万円程度が標準的な目安となります。ただし、国の「高等学校等就学支援金制度」や熊本県の授業料減免制度を活用することで、世帯年収に応じた実質負担額は大きく軽減されます。
また、同校では学業やスポーツで極めて優秀な成果を収めた生徒を対象に、入学金や授業料の全額・半額を免除する特待生制度（奨学生制度）が整えられています。毎年多くの部活動特待生や学業特待生がこの制度を利用して学んでいます。
全国から集まる生徒を受け入れるための学生寮（男子寮・女子寮）も完備されています。寮生活では栄養バランスの計算された食事が提供され、規則正しい生活習慣が身につく環境が整っています。寮費は食費込みで月額数万円台後半から設定されており、親元を離れてスポーツや学業に集中したい生徒にとって心強いバックアップとなっています。
