進学校の真価を証明する長崎東高校 進学実績は、九州管内のみならず全国の教育関係者から高い注目を集めています。長崎東高校 大学合格実績の最大の特徴は、国公立大学への高い現役進学比率と、地元・長崎大学医学部をはじめとする難関医療系への強固な合格力です。
近年の進路結果を検証すると、地元最高峰である長崎大学に毎年70名〜100名規模の合格者を送り出し、その中には最難関とされる医学部医学科の現役合格が複数名含まれます。さらに旧帝国大学クラスでは、九州大学に毎年20名〜30名前後が合格するほか、東京大学、京都大学、大阪大学などの最難関国立大学にも継続して合格者を輩出しています。
私立大学においても、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、東京理科大学といった難関私大群に加え、関西圏の同志社大学、立命館大学、福岡の西南学院大学などへ手堅い実績を誇ります。とりわけ国際科の卒業生は、培った語学力と探究実績をフルに活用し、国際基督教大学（ICU）や立命館アジア太平洋大学（APU）、海外大学への直接進学など、一般的な地方進学校の枠に収まらない進路開拓を実現している点が特筆されます。
