與止日女神社の起源は極めて古く、社伝によれば欽明天皇25年（564年）の創祀と記録されています。古代の律令制度下において肥前国の一宮（千栗八幡宮とともに一の宮として並び称される）として崇敬を集め、朝廷や武家社会からも格別の庇護を受けてきました。平安時代の『延喜式神名帳』にもその名が連なる式内社であり、長い歴史の中で幾度もの水害や戦火を乗り越えて現在に至ります。
主祭神として祀られているのは与止日女命（よどひめのみこと）です。この神の正体については古来より諸説あり、神功皇后の妹である世田姫（せたひめ）とする説や、海神の娘である豊玉姫命（とよたまひめのみこと）と同神とする解釈など、重層的な神話的背景を持っています。いずれの伝承においても共通しているのは、嘉瀬川の豊かな水流を司る「水の神」、そして生命を育む「母性の神」としての神格です。
佐賀平野の農業を支える水源地としての川上峡において、荒ぶる水難を防ぎ、農地を潤す治水の守護神として信仰されてきた歴史があります。時代が移り変わっても、河川交通の安全、農業繁栄、さらには安産・子宝・開運・厄除けの強力なご利益があるとされ、人々の生活に密着した祈りの対象であり続けています。
