事の起こりは、歌舞伎町に突如蔓延した謎のウイルス「凹凸(おうとつ)ウイルス」だった。このウイルスを撒き散らした邪教集団「凹凸教」の企みによって、街中の男女の性別がまるごと入れ替わってしまうという前代未聞の事態が発生する。
原作者の空知英秋が描いたこの「銀魂 性転換篇」(原作単行本第50巻第437話〜第441話)は、単なるTS(性転換)願望のファンサービスに終わらない。少年漫画の王道パロディやメタ発言をふんだんに盛り込みつつ、「男らしさ」「女らしさ」という固定観念を徹底的にギャグへと昇華させた。週刊少年ジャンプの連載時、扉絵が開いた瞬間の読者の困惑と歓喜混じりの悲鳴は、当時のSNS上でも大きな話題を集めたのだ。