御朱印巡りの愛好家にとって見逃せないのが、例大祭の期間中のみ特別に頒布される例大祭限定御朱印です。金文字の墨書や神輿の特製印、秋の草花があしらわれた華やかなデザインが施され、参拝の貴重な記念となります。
限定御朱印の授与時間は、通常午前9時〜夕方17時頃まで社務所または特設受付にて行われます。混雑状況によっては受付終了時間が前倒しになる場合もあるため、午前中の参拝が強く推奨されます。初穂料の目安は500円〜1,000円程度です。
近年は混雑緩和とスムーズな授与のため、あらかじめ和紙に揮毫された「書置き（紙渡し）」形式での対応が主流となっています。ご自身の御朱印帳への直書きを希望される場合は、事前告知をよく確認し、初穂料はなるべくお釣りが出ないよう小銭を準備しておくのが参拝のマナーです。
