熊本城マラソンへの参加が決まった際、レース対策と同じくらい迅速に動かなければならないのが宿泊拠点の確保です。
スタート地点に近い熊本市中心部（通町筋、上通・下通、桜町バスターミナル周辺）のビジネスホテルは、エントリー開始日や当選発表当日に一瞬で満室となります。熊本駅周辺や新水前寺駅周辺のホテルもすぐに埋まるため、予約が取れなかった場合は、九州新幹線で1駅の新玉名駅周辺や、豊肥本線沿線の光の森エリアなどへ視野を広げるのが賢明な宿泊予約の鉄則です。
また、大会当日は熊本市内の広範囲で大規模な交通規制が敷かれます。国道3号線や産業道路などの主要幹線道路が長時間にわたって通行止めとなり、路面電車（市電）や路線バスも運休・迂回運行を実施します。応援者や観光客も含め、当日の移動は自家用車を避け、事前に公開される規制マップと公共交通機関の運行情報を綿密に確認しておく必要があります。
