来館者が最も混同しやすいポイントが、新潟市中央区の朱鷺メッセ内にある新潟県立万代島美術館との違いです。どちらも新潟県が運営する美術館ですが、その設立経緯や施設機能、鑑賞スタイルには明確な差異が存在します。
長岡市の新潟県立近代美術館は、大規模な収蔵庫と常設展示室を持つ総合的な「本館」です。一方の万代島美術館(2003年開館)は、都市型・ウォーターフロント型の分館として位置づけられており、独自の常設コレクション展示室を持たず、主に国内外の意欲的な企画展や巡回展に特化して運営されています。
このように、新潟の美術史や体系的な名画鑑賞、豊かな自然環境でのリフレッシュを求めるならば、長岡の近代美術館への来訪が適しています。両館の半券提示による相互割引制度も用意されているため、スケジュールに合わせて両館を巡るアートツーリズムも推奨されます。