横丁を訪れる前に必ず確認しておきたいのがトイレ事情です。店舗の構造上、客席内に個別のトイレを備えていない店が多く、その場合は横丁の共同トイレを利用することになります。
共同トイレは横丁の中央部（仲通り沿い）に設置されており、誰でも利用可能です。過去のイメージとは異なり、現在は改修されて清潔な水洗トイレ（男女別・バリアフリー対応）が保たれています。ただし、金曜や休日のピークタイムには順番待ちの列ができるため、店を出る直前ではなく余裕を持って利用するのが賢明です。
また、新宿思い出横丁の営業時間は店舗によって大きく異なります。多くの店舗は16:00〜17:00頃に開店し、23:00〜24:00頃に閉店します。しかし、前述の「岐阜屋」をはじめとする一部の店舗は午前9:00〜10:00頃からオープンしており、新宿エリア屈指の「昼飲みスポット」としても重宝されています。明るい時間帯からゆっくりと昭和の空気感を楽しみたい場合は、平日の15:00〜17:00頃に訪れると混雑を避けてゆったり過ごせます。
