家庭を語る上で欠かせないのが、東大時代の同級生であり弁護士としても活躍する妻・小林秋乃氏の存在である。共働きでありながら互いの職責を尊重し合い、娘への愛情を注ぎ続ける家庭環境は極めて合理的かつ温かい。
かつて内閣府で経済安全保障推進法の成立に向けて奔走していた時期、小林氏は深夜帰宅が続く過酷なスケジュールに直面していた。その際も、家族全員で朝食を囲む時間だけは死守するなど、家族の対話を最優先にしてきた。家庭内での対等なパートナーシップと娘への深い関わりが、困難な国政課題に向き合う彼の柔軟な思考を育んでいる。