小川屋を象徴する最大のストロングポイントが、大浴場に敷き詰められた約100帖の「畳風呂」です。温泉の床面に特殊な防水・抗菌加工を施した畳を敷き詰めるという斬新なスタイルは、全国的にも珍しい温泉文化として知られています。
実際に利用した旅行者の声を見ると、「床が冷たくなく、足裏に伝わる柔らかさが心地よい」「滑りにくいため小さな子どもやお年寄りと一緒でも安心して歩ける」といった安全面・快適面での絶賛が目立ちます。下呂特有のpH9以上を誇るアルカリ性単純温泉（美肌の湯）はトロリとした肌触りが特徴ですが、石造りの床と違って滑落のリスクが低減される点は大きな強みです。
また、大浴場だけでなく趣の異なる7つの貸切風呂が用意されている点も見逃せません。露天風呂や炭酸泉を備えたプライベート空間は、カップルやファミリー層から「気兼ねなく名湯を満喫できる」と極めて高い支持を獲得しています。
なお、小川屋では宿泊者以外でも利用できる日帰り温泉の受け入れも行っています。観光の合間に名物畳風呂を気軽に体験できるため、下呂散策の立ち寄りスポットとしても重宝されています。
