聖地巡礼がもたらすのは経済効果だけではない。ゴミのポイ捨てや私有地への無断立ち入り、騒音問題など、いわゆるオーバーツーリズムの課題も浮き彫りになってきた。特に住宅街にある聖地では、住民のプライバシー保護が常に議論の的となってきた。
これに対し、各自治体はデジタル技術を活用した混雑状況のリアルタイム配信や、分散型の観光ルートの提案を行っている。また、ファンコミュニティ自体が自主的にマナー向上を呼びかける動きも活発だ。「聖地を汚さない、荒らさない」という暗黙のルールがファンの間で共有されていることが、10年もの間、これらの場所が愛され続けている最大の理由かもしれない。