陽性と診断された場合、処方される代表的な抗ウイルス薬がインフルエンザB型治療薬タミフル（一般名：オセルタミビル）です。その他、吸入薬のリレンザやイナビル、1回服用の内服薬ゾフルーザなどが病状や年齢に応じて選択されます。
医療関係者の間では周知の事実ですが、ノイラミニダーゼ阻害薬であるタミフルは、A型ウイルスに比べてB型ウイルスに対する感受性（阻害効果の強さ）がやや低いことが基礎研究や臨床データで報告されています。そのため、薬を飲み始めても翌日に即座に解熱しない場合がありますが、ウイルスの体内排出期間を短縮し、重症化を防ぐ意味では依然として発症48時間以内の抗ウイルス薬投与が医学的標準です。自己判断で服用を中断せず、処方された分数を飲み切ることが鉄則です。
解熱した後の社会復帰に関しては、学校保健安全法に基づき定められた厳格なルールが存在します。インフルエンザB型出席停止期間は、「発症した後5日を経過し、かつ、解熱した後2日（幼児にあっては3日）を経過するまで」と規定されています。
ここでの落とし穴は、「もともと熱が出ていない微熱のB型患者」です。発熱が軽微であっても、体内からは発症後5〜7日間にわたって感染力のあるウイルスが排出され続けます。「熱が下がったから大丈夫」「そもそも平熱だから問題ない」と出社や登校を強行することは、周囲への感染拡大を招く最も重大な要因となります。
