物語は、徐倫が恋人とのドライブ中に事故を起こし、殺人罪で懲役15年の判決を受けるところから始まる。しかし、これは全て罠だった。フロリダ州立グリーン・ドルフィン・ストリート重警備刑務所に収監された彼女は、そこで奇妙な出来事に巻き込まれていく。
面会に来た承太郎から、全てはディオの因縁によるものだと知らされる。父はスタンド能力を引き出すペンダントを徐倫に渡し、彼女は「ストーン・フリー」を覚醒させた。だが、承太郎は敵スタンド使いの攻撃を受け、記憶とスタンドを奪われてしまう。徐倫は父を救うため、刑務所からの脱獄と敵との戦いを決意する。
プッチ神父との対決
第6部の最大の敵は、グリーン・ドルフィン・ストリート刑務所の教誨師であるエンリコ・プッチ神父だ。彼はディオの親友であり、「天国へ行く方法」を実現しようとしていた。プッチは複数のスタンド能力を持ち、最終的には時を加速させる「メイド・イン・ヘブン」を発動させる。
徐倫と仲間たちは、プッチの計画を阻止するために命懸けの戦いを繰り広げる。この戦いは、ジョジョシリーズの中でも特に壮絶で、読者に強烈な印象を残すものとなった。