そもそもへそのゴマの正体は、植物のゴマではなく、剥がれ落ちた皮膚の古い角質（垢）、皮脂、汗、衣服の繊維くず、そしてそれらをエサにして繁殖した皮膚常在菌が複雑に混ざり合って固まったものです。
おへそは胎児期に母親から栄養や酸素を受け取っていた「へその緒（臍帯）」が取れた後の瘢痕（傷跡）であり、複雑にくぼんだ独特のシワ構造を持っています。この深いくぼみは湿気がこもりやすく、皮膚の分泌物が外部に排出されにくいという解剖学的な特徴を抱えています。
へそのごまの臭いの原因は、この高温多湿な環境下で嫌気性細菌やブドウ球菌などが角質や皮脂を分解する過程で生じる低級脂肪酸や揮発性硫黄化合物です。足の裏や排水口に似た強烈な悪臭を放つのはこのためです。
長期間にわたるへそのごまの放置の危険性として、単なる臭いだけでなく、皮脂と角質が石灰化して硬縮する「臍石（さいせき）」の形成が挙げられます。臍石が内部で巨大化すると皮膚を圧迫して潰瘍を形成したり、深刻な細菌感染の温床になったりするため、定期的な適切なメンテナンスが求められます。
