長崎市内を縦横に走る膨大な路線網を把握する上で欠かせないのが、3大拠点となるバスターミナルの構造理解です。長崎バスの路線図は網の目のように広がっており、経由地と行き先番号（系統番号）を把握していなければ乗り間違えるリスクがあります。
まず、長崎の玄関口である長崎駅前バスターミナルの乗り場は、駅前高架広場（ペデストリアンデッキ）や周辺道路の整備に伴い、行先方向別に乗り場が明確に分散配置されています。浦上・住吉・北部方面へ向かう便、大波止・新地中華街・南部方面へ向かう便、そして稲佐山・立神方面へ向かう便で乗り場が異なるため、駅前ロータリーの案内サインに従った素早い移動が求められます。
商業施設と直結する一大拠点「ココウォーク茂里町」は、長崎自動車の本社が置かれる中心拠点です。1階に設置されたバスターミナルからは市内各方面へ向かう始発・経由便が次々と発着しており、ココウォーク茂里町のバス時刻表を確認すれば、北部方面から南部・東部方面へ向かう幹線バスの選択肢を最も多く確保できます。館内には待合スペースや発車標が完備されているため、天候に左右されず快適にバスを待つことが可能です。
一方、南部方面や長崎空港方面へのアクセス拠点となる「長崎新地ターミナル」も重要です。新地中華街電停に隣接し、市内南部（深堀・香焼・樺島方面）への路線や長崎空港リムジンバスの時刻表を軸にした移動において中核の役割を果たしています。乗車前の目的地検索では、これらの主要ターミナルを経由するかどうかを起点に組み立てると移動の無駄を最小限に抑えられます。
