近年、温浴施設選びの決定打となっているサウナ環境においても、ふじ湯の里はサウナ愛好家（サウナー）から高い評価を獲得しています。
男湯・女湯ともに広めのタワー型ドライサウナが備えられており、室内温度は90度前後のマイルドかつしっかりとした発汗を促すセッティング。定期的な換気と衛生管理が行き届いており、息苦しさを感じにくい快適な空間設計となっています。日によっては塩サウナやミスト系サウナのバリエーションも楽しめます。
特筆すべきはサウナ室のすぐ目の前に配置された水風呂です。地下水を汲み上げた清涼感ある水質で、水温は通年で約16〜18度前後をキープ。肌当たりの柔らかな水風呂でしっかりとクールダウンした後は、露天スペースに用意されたベンチやととのい椅子へ直行できます。福智山から吹き下ろす心地よい外気を感じながらの「ととのい」体験は、都市部の施設では決して味わえない開放感です。
