土浦日本大学高等学校の難易度を測るうえで、単一の偏差値で評価することは事実を見誤る原因になります。同校は明確な目標別の3系統に再編されており、土浦日大高校 コース別偏差値の差異は実質的に「別学校の集合体」といえるレベルに達しています。
最上位に位置する土浦日大高校 スーパーハイクラスは、定員約40名の少人数制を取り入れ、県内トップの公立校に匹敵する学習環境を敷いています。授業進度は非常に速く、高校2年終了時点で高校課程を概ね修了。補習や探究活動も高度にカリキュラム化されており、日本大学の付属校というよりは「難関国公立大特化型予備校」に近い緊張感があります。
一方、中堅層を支える土浦日大高校 特進 偏差値は62前後を推移。このクラスは茨城県立の牛久栄進高校や竜ヶ崎第一高校の併願先として厚い支持を集めています。特進クラスの大きなメリットは、国公立・難関私大の一般選抜を目指しながら、一定の学内基準を維持すれば日本大学への進学ルートも視野に入れられるハイブリッドな立ち位置にあります。