トヨタ東京自動車大学校の進路選択において最も重要なのが、「2年制の自動車整備科」に進むか、「4年制の一級自動車研究科」に進むかの判断です。それぞれのコースには明確な目的の違いが設計されています。
自動車整備科（2年制）は、最短期間で「二級自動車整備士」の国家資格を取得し、早期に現場へ出てメカニックとしてのキャリアをスタートさせたい人に適しています。実践的な実習時間が豊富に確保されており、2年間で基礎からハイブリッド車・EVの整備技術までを効率よく網羅します。
一方、一級自動車研究科（4年制）は、最高峰資格である「一級自動車整備士」の取得と、大学卒業と同等の称号である「高度専門士」の取得を目的としています。カリキュラムには高度な故障診断技術、電子制御システムのプログラミング解析、マネジメント論、環境対応技術が含まれ、将来のサービスマネージャー（工場長）候補やメーカーの実験開発エンジニアを育成する内容となっています。大学院への進学資格も付与されるため、技術者としての選択肢を最大限に広げたい層から強い支持を集めています。
このほか、車体の修復やカスタム塗装技術を専門に学ぶボデー・エンジニア科など、専門分野に特化した学科も設置されており、自身の目指すキャリア像に応じた専門知識の習得が可能です。
