世論の激しい批判と被害者団体の訴えを受け、政府も重い腰を上げた。文化庁は長期間にわたる質問権の行使を経て、東京地裁に対して教団の解散命令を請求した。宗教法人法に基づく解散命令が確定すれば、教団は税制上の優遇措置を失い、法的根拠を著しく殺がれることになる。
もっとも、教団側は強力な弁護陣を揃え、徹底抗戦の構えを崩していない。法廷闘争は長期化の様相を呈しており、裁判の決着がどこへ向かうのか、日本中が固唾をのんで見守っている。この審理の行方は、今後の日本における宗教行政のあり方を大きく左右する決定打となる。