体調不良によって発生した遅刻や早退、欠勤時間分の給与がどう処理されるかは、労働基準法および各企業の「就業規則」によって厳密に定められています。
日本の労働法制における大原則は「ノーワーク・ノーペイの原則」です。働いていない時間について会社側は賃金を支払う義務がありません。そのため、通勤途中の急病で2時間遅刻した場合、特段の規定がない限りはその2時間分の基本給が控除（減額）されるか、遅刻扱いとして記録されます。電車の「遅延証明書」を持参した場合であっても、自身の体調不良による途中下車が原因である遅刻は、鉄道会社の運行トラブルによる遅延免除規定の対象にはなりません。
この給与減額を防ぐ一般的な手段が「年次有給休暇への振替」です。当日朝の連絡であっても、就業規則に「当日の有給申請を認める」規定がある企業や、事後申請を受理する運用を行っている企業であれば、半日有給休暇や時間単位有給休暇（導入企業の場合）を充当することで給与の減額を回避できます。ただし、労働基準法上、有休の当日取得は会社の裁量（承諾）による部分が大きいため、回復後に上司や人事労務担当者へ丁寧にお詫びを添えて申請手続きを行う配慮が望まれます。
