一連の騒動は、世界水準を誇っていた理研CDBのガバナンス体制の脆弱さを浮き彫りにしました。トップダウンの成果主義や、インパクトファクターの高い一流誌への掲載を急ぐあまり、研究データの厳格な相互チェック機能が働いていなかったことが外部有識者委員会などから厳しく指摘されました。
笹井氏の死後、理研CDBは組織の大幅な改編を余儀なくされ、研究室の縮小や名称変更（現・生命機能科学研究センター等への再編）が行われました。徹底したデータ管理システムの導入や研究倫理教育の義務化など、日本の研究不正防止策が抜本的に見直される契機となったのは皮肉な結果といえます。
科学の厳密性とスピード感、研究機関の広報戦略のあり方について、理研が支払った代償はあまりにも大きなものでした。
