この表現の原点を辿ると、古典日本語の「萎ゆ(気力が衰える・しおれる)」に行き着きます。現代のネットカルチャーにおける直接のルーツとなったのは、2000年代初頭のネット掲示板で流行した「萌え」の対義語としての「萎え」です。アニメやゲームのキャラクター、あるいは特定のシチュエーションに対して熱量が冷めた瞬間を指すオタクスラングとして広く浸透しました。
その後、2010年代のギャルカルチャーにおいて「萎えぽよ」へと形を変え、テレビ番組やSNSを通じて大衆化。令和の時代に入ると、TikTokやショート動画のテンポ感、LINEでの短文ラリー文化と結びつき、よりシンプルで口当たりが良い「なえなえ」へと再構築されました。なお、人気インフルエンサーの「なえなの」さんの愛称と語感が似ているため検索上で混同されるケースも見られますが、言葉の意味自体は感情を表すオノマトペ的スラングとして独立して使われています。