工場生産の水耕野菜が安全である一方、近年ブームとなっている家庭での自作水耕栽培には固有の危険性が潜んでいます。管理が行き届いた商業施設とは異なり、家庭環境では衛生面でのトラブルが起きやすいためです。
とくに警戒すべきが、水温の上昇や光の当たりすぎによる水耕栽培でのカビや雑菌の繁殖リスクです。培養液を入れる容器に光が当たると、内部でアオコ（藻）が発生し、そこを温床として腐敗菌やカビが増殖します。根が茶色く変色して異臭を放っている場合、病原性菌が繁殖している恐れがあり、生食すると食中毒を引き起こす危険があります。
自宅で安全に水耕栽培を楽しむ場合は、容器の遮光処理を徹底し、週に1〜2回は培養液を完全に入れ替えること、そしてエアレーション（空気の供給）を行って水の腐敗を防ぐことが必須の注意点となります。
