メインクーンの平均寿命は12〜15年程度とされており、一般的な家猫（15年前後）と比較すると平均的かやや短めの傾向があります。大型種特有の心臓や関節への負担が関係しており、長寿を全うさせるためには特定疾患の早期発見が欠かせません。
メインクーンが最も注意すべき疾患は「肥大型心筋症（HCM）」です。これは心臓の筋肉（心筋）が求心性に肥大し、心室の内腔が狭くなることで全身への血液供給が滞る遺伝性疾患です。進行すると肺水腫や動脈血栓塞栓症（突然の下半身麻痺）を引き起こし、急死に至るリスクがあります。
さらに、大柄な体重を支える骨格構造から「股関節形成不全」を発症しやすく、加齢に伴い関節炎を患う個体も多く見られます。これらを予防・早期管理するためには、1歳を過ぎたら年1回の心臓超音波（エコー）検査および定期的なレントゲン検査を受診し、適切な体重管理を行って関節への過負荷を防ぐことが重要です。
