2000年代半ばに推進された教育基本法改正事業において、日教組は「教育への国家統制」を懸念し、教育の自主性と平和主義の堅持を主張して強い反対運動を展開した。この動きは、教育の自由を守る姿勢として支持を集める一方、学校の政治的中立性を脅かすのではないかという批判も呼んだ。
安全保障や憲法問題といった広範な政治・社会問題への積極的なコミットメントは、日教組のアイデンティティであると同時に、組合員離れを引き起こす諸刃の剣ともなっている。教育現場の課題解決と政治運動の距離感をどう保つかは、現在も組織内での議論が続いている。
