事故調の結論に対し、初期から異論を唱える声は少なくない。「相模湾で外部からの物体が衝突したのではないか」「減圧の程度が急激な隔壁破綻の割には小さかったのではないか」といった疑問である。
事故から40年以上が経過した現在、AI解析や3D流体力学シミュレーションなどのデジタル技術が劇的に進化している。近年では、当時のフライトレコーダーやボイスレコーダーの微細なノイズを最新の音響解析技術でクリアにし、当時の機内状態を解明しようとする自主検証プロジェクトも動いている。
しかし、政府や運輸安全委員会は「提示された公式報告書を覆す新証拠はない」との立場を崩していない。科学的根拠に基づく公式見解と、解明しきれていない不自然な現象を指摘する声との間のギャップは、2026年の今も埋まっていない。
