現地を訪れる参拝者が最も混同しやすいのが、御朱印帳の授与場所です。特に、天井に描かれた龍の真下で拍子木を打つと美しい音が響く「鳴龍」の御朱印帳を目当てにしている方は注意が必要です。
龍が力強く描かれた人気の鳴龍の御朱印帳は、日光東照宮の授与品ではなく、東照宮境内に隣接する日光山輪王寺 薬師堂（本地堂）で授与されています。神仏習合の名残で東照宮の拝観エリア内に位置しているものの、寺院としての管轄が異なるため、東照宮の社務所窓口では購入できません。
東照宮オリジナルの帳面を求める場合は、表参道を抜けて境内に入った先にある日光東照宮の御朱印帳授与所（本殿前の授与所など）へ向かいます。一方、薬師堂の鳴龍の御朱印や御朱印帳は、薬師堂の堂内出口付近にある専用窓口で拝受する流れになります。神社（東照宮）とお寺（輪王寺薬師堂）を分けて御朱印帳を使い分けたい方は、両方の窓口を事前に把握した上で参拝順路を組み立てましょう。
