ガバナンス不全の代償は、大学経営にも極めて重い打撃を与えました。日本私立学校振興・共済事業団は、一連の不祥事と管理運営の不備を理由に、日本大学に対する私学助成金（補助金）を3年連続で全額不交付とする異例の行政処分を下しました。
日大に交付されていた私学助成金は年間約90億円規模にのぼります。これが複数年にわたりゼロになったことで、教育研究環境の整備や施設改修の計画に大きな見直しを迫られました。
大学側は財政健全化を維持しつつ、文部科学省へガバナンス改善報告書を提出。意思決定プロセスの透明化や、理事会における学外有識者の比率引き上げなど、具体的な是正策を積み重ねることで、助成金交付の再開に向けた審査基準のクリアに全力を注いできました。
