日本におけるペストの歴史を語る上で欠かせないのが、新千円札の肖像としても知られる細菌学者・北里柴三郎の存在です。北里は国内流行に先立つ1894年、ペストが猛威を振るっていた香港へ政府から派遣され、ほぼ同時期に研究を行っていたアレクサンドル・イェルサンとともにペスト菌（Yersinia pestis）を世界で初めて発見しました。
ペスト菌の特定によって、主な感染経路が「ペスト菌を保有するネズミ」と「それを吸血して人間を刺すネズミノミ」であることが科学的に証明されました。この知見をもとに、明治政府と北里らは前代未聞の徹底した防疫体制を敷きます。
その代表例が、都市部で実施された「ネズミの買い上げ制度」です。行政が市民からネズミを1匹あたり数銭（現在の数百円相当）で買い取り、解剖してペスト菌の有無を検査しました。東京や大阪などの大都市では数百万匹ものネズミが捕獲・処分され、感染源の徹底的な根絶が図られたのです。患者の隔離、感染家屋の消毒や焼き払い、港湾での徹底した船舶検疫など、科学的根拠に基づいた迅速な公衆衛生対策が講じられました。
