パスポートの身体特徴欄や一般的な問診票において、日本人の目の色は慣例的に「黒（Black）」と表記されてきました。しかし、解剖学および眼科学の見解において、人間の虹彩に純粋な「黒色色素」は存在しません。黒く見える瞳の正体は、高密度に蓄積された「ユーメラニン（真正メラニン）」と呼ばれる濃褐色の色素です。
太陽光や強い照明を瞳に当てて観察すると、ほぼすべての日本人の瞳が濃いブラウン、あるいは黄褐色を帯びていることが確認できます。瞳孔（光を取り入れる中心の孔）自体は網膜の奥の暗がりを映すため真っ黒に見えますが、その周囲を取り囲む虹彩組織は明確に茶色の色素で構成されています。
日本人の祖先がユーラシア大陸から日本列島へ移動・定着する過程において、強い紫外線から網膜と視神経を保護するためにメラニン色素を豊富に保持する形質が適応生存してきました。これが「日本人は黒目である」という文化的認識を生み出した背景ですが、生体組織の実態としては「極めて濃いダークブラウン」から「明度の高いライトブラウン」までの幅を持った茶色に分類されます。
