厚生労働省の指定難病データや臨床統計において、SLEの男女比はおよそ1対9と圧倒的に女性に偏っています。特に初発年齢は15歳から45歳前後の生殖年齢（思春期から更年期前）に集中しており、この偏向には明確な生物学的要因が存在します。
全身性エリテマトーデスが女性に多い理由の主軸にあるのが、女性ホルモンである「エストロゲン」の働きです。エストロゲンは本来、妊娠や出産を支えるために獲得免疫（抗体を作る仕組み）を活性化させる作用を持っています。しかし、遺伝的素因を持つ個体において過度なストレス、紫外線曝露、ウイルス感染などがトリガーとなると、エストロゲンの免疫刺激作用が裏目に出て、自己抗体（自分の核成分を攻撃する抗体）の産生を加速させてしまいます。
さらに近年のゲノム研究では、X染色体上に存在する免疫関連遺伝子の不活化逃れ（エピジェネティックな制御破綻）も関与していることが突き止められています。女性はX染色体を2本持つため、免疫受容体TLR7などの発現量が男性よりも構造的に高くなりやすく、自己免疫応答のブレーキが外れやすい土壌があるのです。
