啓明学院中学校・高等学校の入試難易度は、関学直系属校としての安定したブランド力から堅調な推移を見せています。関西の大手進学塾（日能研・浜学園・五ツ木駸々堂など）の公開データによると、啓明学院中学校の偏差値は48〜53前後（入試日程・男女別により変動）となっており、A日程・B日程ともに実質倍率は1.4〜1.8倍程度で推移しています。
一方、啓明学院高等学校の偏差値は61〜63前後に位置し、兵庫県内の私立高校入試において上位校の一角を占めています。高校募集枠は中学校からの内部進学生と第1学年から混合クラスを編成する併設型を採用しており、外部生と内部生が早期に打ち解けられるオリエンテーションプログラムが導入されています。近年は国公立大学や他私立大学への一般受験を目指す特進コース的な分離を行わず、全員がランバス教育の理念のもとで探究学習や国際理解教育に打ち込むカリキュラムが評価されています。
